外岛中首先裁并改编的是澎湖防卫部队，其中第168旅改为后备部队，第503装甲旅降编为机动打击群。金门、马祖、花东三个防卫司令部所属部队随后进行。方式为守备旅均改为后备部队，其它部队一律降编为机动打击群。

　　不过由于今年3月20日的“总统大选”，为避免开年后部队组织调整过于剧烈，影响作战能力和防务，台湾“国防部”决定，第一批裁减、并编部队在元旦起开始作业，以示军方推动“精进案”决心，但正式改编到位日期延后到4月1日，在“总统大选”完后才进行大换防。

　　另外，此次“精进”还有一个突出的变化是：为统一指挥控制和后勤保障，各军种导弹部队将全数编入新成立的“导弹司令部”，包括陆军爱国者、天弓、霍克防空导弹，海军雄风(岸防)反舰导弹等，预定4月到位。

　　在情报系统方面，各军兵种情报系统将进行大规模调整，具体方案是：空军、海军和陆军总司令部下属的情报署撤销，主要业务部门并入作战署，合并后的机构称为“作战暨情报署”，原情报署中的保障和后勤部门及人员并入兵器和计划署(处)。作为三军情报署的上级业务督导机关——参谋本部情次室，功能和角色要大幅提升强化。情次室目前正在筹建“联合情研中心”及战略研究智库，除为三军情报部门处理搜集上报情报外，还将集“国防部”军事情报局的国际和大陆情报搜集功能、电讯发展室的密码和电子情报于一体，构成“强干弱枝”的中央化体系。

台军近年来正积极加强山地特种部队的建设