调整后的台军情报系统将分成两大部分：一部分是以参谋本部情次室为中心的军令系统，以搜集与军事作战相关的情报为主；而隶属“国防部”的军事情报局，则属于军政系统，其任务是收集军事情报供“国防部”上级做决策参考。与此同时，军事情报局也要进行适当调整，主要是缩减人员和强化职能。据有关资料显示，整编后的军事情报局对其“任务单位”进行了细致的分工，其中一处为规划总体情报作战计划；二处为情报研究整理与指导；三处为主管海外基地的发展、人事、行动、指导等；四处为敌后情报发展和人员派遣；五处为主管敌后武力组织及发展；六处为主管心战策反及谋略。此外，还设有电子作战处，主管电子侦测、通讯截听、破解密码；交通中心，主管与敌后及海外基地的联络事项、包括联络办法指定、通讯材料送递、情报人员进出等；情报研究室，专门负责技术情报分析。

　　在政战系统方面，民进党注意逐步削减国民党时期为了控制军队，防止“台独”长期建立的政战体系，包括辅导长、政战官、政战士都将逐步裁减(撤)，“总政战局”也由一级单位降编为政战局二级单位。

　　在军事院校方面，“精进案”的第一阶段由各军事院校减并系所，第二阶段再推动编成台军军官大学等，把所有研究所编成“国防”专业研究所。

薛石民接任“国安局长”