据台媒报道，马英九19日在接受采访时表示，这是很可惜的一件事情，因为，要打开两岸关系停滞不前的困境，总要有一方开始；并认为，拒绝陈云林来台，长远来看，对台湾并无好处。

　　他说

，两岸关系的僵局要有一方展现善意，不能因为“有一方怎样，我就怎样”，这样到最后，台湾就在原地踏步，最后还是台湾吃亏。因为，现在的局势已经与以前不一样。

　　此前，陈水扁曾公开声称，绝不能让陈云林来台湾。

　　国民党政策会副执行长张荣恭18日也对申请案未获许可表示遗憾，他说，毕竟越高层的大陆官员访台，越有助两岸情势和缓，民进党当局也能共享两岸和缓的功劳。

　　他表示，台湾当局的政治智能不足，对国际肯定连胡会的声音装聋作哑，“难怪两岸关系会到这种地步”；并批评，陈水扁刻意藉APEC议题操弄两岸关系，将王金平不能去APEC一事与陈云林来台案挂勾，“形同玩家家酒”。

　　张荣恭说，民进党当局未能把握此一良机，展现大格局与胸襟，促进并推动两岸缓和，殊为不智。