俄联邦武装力量的最高统帅是俄联邦总统，因此，对俄联邦武装力量的领导由俄联邦总统兼俄联邦武装力量最高统帅实施。俄联邦武装力量最高统帅在其职权范围内颁布命令和训令，俄联邦武装力量必须予以执行。

*作战指挥系统

作战指挥系统是指战时对军队的使用。它由最高统帅部通过总参谋部对军队实施领导。作战指挥系统包括部分军种总司令部、战略司令部及其所属军队、独立的集团军和军、舰队、中央直属兵团和部队。

*行政领导系统

行政领导系统由国防部长通过俄联邦国防部和俄联邦武装力量总参谋部实施。行政领导系统包括各军种总司令部各武器装备总局、专业兵局、中央局、军区、航空兵基地、导弹基地、海军基地。行政隶属系统包括一部分武装力量，及其中央机构和国防部。国防部长通过这些机构和军队勤务部门，直至部队一级的勤务部门对该系统实施领导。该系统负责解决武器装备的订购、研制、开发、使用与维修，军队编制体制的确定，专业兵和各勤务部队的训练，行政管理，军队的生活与作战保障问题。行政系统的主要任务是，确保武装力量所必须的战斗能力和动员准备程度。