动力方面装备一台U-29M型4冲程水冷发动机,在2600转每分钟时能输出大约500匹的马力,因为动力后置的缘故,发动机的V型夹角高达144度,这样就可以降低战车后部的高度,便于乘员从后部下车,为了在浮渡情况下保持进气量,进气口还有一个可液压操纵升起的通气筒。该车装备一具液力机械式变速箱,一共有4个前进挡和2个倒退档,最大行驶速度为70公里每小时,倒车速度为20公里每小时,最大行程为600公里。在水上行驶时可竖起车首防浪板,利用车体底部两侧的喷水推进器实现前进和转向,最大水上速度为10千米/小时。但是该车没有辅助动力,在战场上动力系统一旦损坏只能听天由命。
▲几乎就是平躺着的U-29M型发动机,高度为650毫米,但是即使是这样BMP-3步战车必须同时打开后部和后部顶侧的舱门,乘员才能顺利下车(如下图),而且这样的设计使得发动机的润滑液会因为重力的原因聚集在底部,发动机各处的磨损情况各不相同,增加故障率的同时也提高了修理难度