1947年7月15日-8月1日,在防空军司令纳戈尔诺领导下进行了大规模实兵演习。1949年6月,进行了高炮团对抗单个与多个空中目标的实兵演习。
在国家防空的组织方面,各军种之间再次发生冲突:防空军建议增加防空军区的数量并建立类似于国土防空的国家对空防御;陆军建议恢复战前编制,按军区划分国土防空兵力;而空军则建议将防空军划归空军。
KC-19型100毫米高炮
经过激烈的争论,最终斯大林拍板在1948年7月防空军成为独立兵种,不再隶属武装力量炮兵司令。当时主要任务是:积极进行国土防空,特别是国土境内的重点地区、境内武装部队及海岸地区海军舰艇的集结地和作战地区的防空。最高司令部设在莫斯科,担负非边境地区的内陆地区的防空。为此,组建了12个防空区,取代了原先的4个防空区。在各边境军区和舰队组建了边境防空区,由各军区和舰队管理指挥。由于这个结构调整,防空歼击航空兵飞机数量减少到1909架。