1949年4月,随着北约组织的成立北约飞机在苏联领空的挑衅性和侦察飞行强度和范围都增大了。然而,苏军政府领导人发现经过改造的国土防空体系不能有效地对抗已经能深入列宁格勒、明斯克和基辅的空中入侵者。
美军RB-47E侦察机
于是开始对国土防空部队进行一系列的组织改造。为了从组织上消除对空防御分散的缺点,在各边境军区和舰队组建了边境防空区。边境防空区的组织和领导仍旧由各军区和舰队负责。但未取得预期的效果,因此军事领导层在边境防空区的基础上组建了“边境线空中防御”。同时,边境线空中防御改由空军总司令领导(空军第一副总司令兼任边境线空中防御部队司令)。军区司令直接对边境线空中防御区防空负责改为由空军各集团军司令负责。但是遗留下来的对空防御分散的缺点实际上没有产生任何变化。北约飞机侵犯领空更加频繁,而且入侵纵深已经达到莫斯科郊区。