在高中的最后一个学期，受到父母鼓励，邓清明尝试报名了空军招飞，意外地通过了各项体检和考试，成为了一名飞行学员。进入军校后，他接受严苛的飞行员训练，完成学业后被分配到新疆哈密第八飞行学院，进行航空理论学习。
对于成长于南方小村庄的邓清明而言，新疆的环境异常陌生，但他立志成为一名合格的飞行员。半年后，他以优异的成绩通过了所有科目的考核，顺利进入初教团，开始飞行训练。
“我坚持一个动作一个动作努力做好，一个科目一个科目认真攻克。”在上世纪80年代大裁军的背景下，飞行员淘汰率高，而邓清明训练更加刻苦，以优异成绩顺利进入了高教团，之后成为了空军驻延吉某团的一名飞行员。
1998年1月5日，邓清明和其他13名战友一起，经过全面考核后，成为中国人民解放军航天员大队首批航天员。那一年，邓清明的母亲不远千里到北京探望他，“母亲说，在她有生之年，希望能亲眼看到我飞上太空。没想到，这成了我永远的遗憾。”邓清明在2018年的一次演讲中说道。
“作为一个航天员来讲，备份和主份训练的科目，训练的时间，训练的内容、训练的强度和标准都是一样的，在这个训练的过程中，你必须始终保持一个最好的状态，最优异的成绩。”