1996年8月，叶利钦下令从车臣退兵，随着一纸《哈萨维尤尔特和平协议》，俄军在车臣付出巨大代价换来的战果烟消云散。
1999年8月，巴萨耶夫纠集5000余人从车臣攻入达吉斯坦俄军营地，企图让达吉斯坦从俄罗斯分裂。
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“高加索之狼”，被炸成碎片
这时，刚刚成为总理的普京全权负责处理此次事件，协调各强力部门严厉打击巴萨耶夫恐怖势力。
巴萨耶夫遭受打击后派出大量恐怖分子潜入俄罗斯境内，将炸药偷运进莫斯科、布伊纳克斯克和伏尔加顿斯克等城市，发动一系列爆炸事件，造成数百人死伤。不仅如此，恐怖分子还随机拨打恐怖电话、散布炸弹袭击等虚假消息，一时间人心惶惶。
普京抓住机会，于10月派军进入车臣。有了第一次的经验，俄军在第二次车臣战争中稳扎稳打，于2000年5月胜利结束战争，重新控制车臣。
巴萨耶夫在交战中被炸断了腿，躲进山区，参照布琼诺夫斯克医院人质事件，策划实施了莫斯科剧院人质事件、别斯兰学校人质事件等一系列恐怖袭击，手上沾满了俄罗斯百姓的鲜血。
面对媒体的采访，他坦言自己就是恐怖分子，但也害怕被俄罗斯定点清除，只有少数亲信知晓其藏匿地点。俄罗斯悬赏1000万美元征集线索抓捕这匹“高加索之狼”。