事件就此结束，据斯塔夫罗波尔边疆区行政长官库兹涅佐夫上报统计结果，整个事件中人质死亡129人（包括18名伤重不治身亡）、受伤415人，大量百姓遭受巨大心理创伤，俄军警阵亡11人；54座政府建筑和110座民房被毁，直接经济损失超过1710亿卢布。
恐怖分子被击毙14人，余下几乎全身而退。
俄政府在事件中的表现让社会各界人士大失所望，叶利钦支持率下降，被劫持人质对政府释放恐怖分子提出强烈抗议，国家杜马提出政府不信任动议获得大多数议员支持，时任副总理叶戈罗夫、国防部长格拉乔夫、内务部长叶林、国家安全局局长斯特帕申等多名高官相继引咎辞职，为恐怖分子和分裂势力站台的科瓦廖夫被国家杜马解职。
然而，这些只是表象，事件造成的恶果在后来的日子里才开始真正显现——选择妥协的俄罗斯政府让恐怖分子捏到了“命门”。
叶利钦的妥协使车臣恐怖分子野心膨胀，逐渐向与车臣邻近的北高加索地区蔓延，甚至向俄罗斯腹地渗透——巴萨耶夫尝到了搞恐怖袭击的甜头，远比打仗划算。同时，他在实践中积累了组织大规模群体恐怖袭击的经验，此后，不断在俄罗斯土地上试验、优化。
11月23日，巴萨耶夫在电视上宣布，在莫斯科周围放置了放射性材料。俄方紧急救援队展开地毯式搜索，最终发现4个放射性罐子，里面装的是恐怖分子从布琼诺夫斯克医院偷来的医用铯。此次辐射恐怖袭击给俄罗斯社会造成了心理恐慌。